Los orígenes de la celebración del Día de Muertos en México, pueden ser trazados hasta la época de los indígenas de Mesoamérica, tales como los Aztecas, Mayas, Purépechas, Nahuas y Totonacas. Los rituales que celebran las vidas de los ancestros se realizaron por estas civilizaciones por lo menos durante los últimos 3,000 años. En la era prehispánica era común la práctica de conservar los cráneos como trofeos y mostrarlos durante los rituales que simbolizaban la muerte y el renacimiento.
El festival que se convirtió en el Día de Muertos cayó en el noveno el mes del calendario solar azteca, cerca del inicio de agosto, y era celebrado durante un mes completo. Las festividades eran presididas por el dios Mictecacihuatl, conocido como la "Dama de la muerte" (actualmente corresponde con "la Catrina"). Las festividades eran dedicadas a la celebración de los niños y las vidas de parientes fallecidos.
Cuando los conquistadores españoles llegaron a América en el siglo XV, ellos estuvieron aterrados por las practicas paganas de los indígenas, y en un intento de convertir a los nativos americanos al catolicismo movieron el festival hacia fechas en el inicio de noviembre para que coincidiesen con las festividades católicas del Día de todos los Santos y Todas las Almas
Tzompantli fue la práctica entre los antiguos mesoamericanos de decapitar a las víctimas de los sacrificios humanos y conservar sus cráneos en una especie de empalizada de madera. El Tzompantli era un altar donde se empalaban ante la vista pública las cabezas aún sanguinolentas de los cautivos sacrificados con el fin de honrar a los dioses.
La raíz proviene de las palabras nahuas "tzontli" que significa cabeza o cráneo y de "pantli" que es hilera o fila. Por lo que Tzompantli significa "Hilera de cráneos". Este nombre también se usa para llamar un árbol cuyo fruto es la flor conocida como colorín; misma que es comestible.
Si bien a ciencia cierta no se sabe el significado, se cree que el Tzompantli no sólo servía como advertencia para los enemigos, sino que celebraba la vida, más que la muerte, como lo dice el arqueólogo Raúl Barrera Rodríguez “es importante conocer el sentido de la religión y de la muerte para los pueblos prehispánicos. En la cosmogonía mesoamericana, los hombres existían para adorar y alimentar a los dioses con ofrendas; era una condición para que la vida continuara.”
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